W dniu 2 grudnia 2009 r. odbyła się w Auli Akademii Górniczo-Hutniczej im. S. Staszica w Krakowie uroczystość nadania prof. dr hab. inż. Jakubowi Siemkowi tytułu PROFESORA HONOROWEGO Akademii Górniczo-Hutniczej. Tytuł Profesora Honorowego Akademii Górniczo-Hutniczej nadawany jest wybitnym uczonym, twórcom techniki oraz innym osobom zasłużonym dla Akademii Górniczo-Hutniczej, które są czynnymi lub emerytowanymi pracownikami Uczelni. Senat AGH uchwałą nr 107/2009 z dnia 24 czerwca 2009 r. nadał tytuł PROFESORA HONOROWEGO prof. dr hab. inż. Jakubowi Siemkowi za „wybitne osiągnięcia naukowe w dziedzinie fizyki i inżynierii złóż ropy naftowej i gazu ziemnego oraz działalność dydaktyczną i organizacyjną na rzecz AGH, nauki polskiej, współpracę z przemysłem i organizacjami naukowymi w Polsce i za granicą”.
Prof. dr hab. inż. Jakub Siemek urodził się w 1937 r. w Brzozowicach-Kamieniu (Śląsk), w rodzinie nauczycielskiej. Maturę zdał w Liceum Ogólnokształcącym w Tarnowskich Górach (1953). Studia ukończył: w 1958 r. na Wydziale Górniczym Akademii Górniczo -Hutniczej – uzyskując tytuł mgr inż. górnika, a następnie w 1963 r. ukończył studia na Wydziale Matematyczno - Fizyczno - Chemicznym, Uniwersytetu Jagiellońskiego - specjalność Fizyka oraz Uniwersytecie im. A. Mickiewicza w Poznaniu uzyskując tytuł mgr fizyki. Stopień dr nauk technicznych uzyskał w 1968 r. (AGH), stopień dr hab. w 1973 r. (AGH), tytuł profesora nadzwyczajnego w 1979 r., tytuł profesora zwyczajnego w 1990 r. Działalność naukowo-organizacyjną rozpoczął w roku 1959 w Zakładzie Mechaniki Górotworu PAN w Krakowie, oraz w AGH. Ważniejsze stanowiska i pełnione funkcje na przestrzeni lat 1959-2006 to: z-ca dyrektora d.s. gazownictwa w Instytucie Górnictwa Naftowego i Gazownictwa (1976-81); kierownik Zakładu, prodziekan i dziekan Wydziału Wiertnictwa, Nafty i Gazu AGH (1999- 2002) oraz członek senatu AGH; delegat Polski do Międzynarodowej Unii Gazowniczej (1976-97); członek Centralnej Komisji d.s. Stopni i Tytułu Naukowego (5 kadencji - nadal) w kadencji 2007-2010 przewodniczący Sekcji Nauk Technicznych Centralnej Komisji; członek i v-ce przewodniczący Komitetu Górnictwa PAN; przewodniczący Rady Naukowej Instytutu Mechaniki Górotworu PAN; członek Society of Petroleum Engineers (USA) oraz American Mathematica\ Society (USA) i recenzent Mathematical Reviews (USA); członek Komitetów i Rad Redakcyjnych "Archiwum Górnictwa" (PAN), "Górnictwo" (AGH), "Polityka Energetyczna" (PAN), "Technika Poszukiwań Geologicznych, Geosynoptyka i Geotermia" (PAN), „Wiadomości Naftowe i Gazownicze” (SITPNiG), „Wiek Nafty” (SITPNiG),"Naukowyj Wisnik" (NAGU - Ukraina), "Bulletin Technical Series" (Petroleum Gas Universitatea, Ploiesti, Rumunia), redaktor naczelny "Geoinformatica Polonica" (PAU), redaktor naczelny Kwartalnika PAN "Archives of Mining Sciences" (od 2004 r.). Prowadził badania w zakresie: hydrodynamiki i gazodynamiki ośrodków porowatych i szczelinowatych, przepływów płynów w ośrodkach porowatych z uwzględnieniem różnych zjawisk fizycznych, w tym przejść fazowych, dyfuzji i dyspersji płynów; inżynierii złóż węglowodorów oraz podziemnego magazynowania gazu ziemnego w sczerpanych złożach węglowodorów; metod matematycznych i komputeryzacji w górnictwie naftowym i gazownictwie; przepływów gazu w pokładach węgla i eksploatacji metanu z pokładów węgla; magazynowania zanieczyszczeń płynnych w złożach i warstwach geologicznych; prognoz i polityki energetycznej - ze szczególnym uwzględnieniem węglowodorów, i perspektyw dla Polski. Cykl prac związanych z podstawowymi zagadnieniami fizyki i inżynierii złóż węglowodorów i surowców płynnych, w tym: modele matematyczne przepływów, przepływy wielofazowe, również przepływy jedno i dwufazowe w pokładach węgla, hydrodynamika otworów poziomych. Wprowadził istotne wartości poznawcze do wiedzy o hydrodynamice i gazodynamice ośrodków porowatych, np. o czynnikach wpływających na intensywność mieszania się dwóch różnych płynów, intensywność oddziaływania na przepływ zjawisk dyspersji i dyfuzji płynów i innych. Następna grupa prac dotyczy praktycznych zagadnień związanych z projektowaniem podziemnych magazynów gazu ziemnego, eksploatacji złóż węglowodorów, testowania otworów eksploatacyjnych i złóż, zatłaczania płynnych zanieczyszczeń (np. solanek) do warstw geologicznych. Prace te wprowadziły nowe metody do projektowania inżynierskiego, bądź też rozwiązywały praktyczne problemy. Inne prace dotyczyły mechaniki i termodynamiki górotworu. Wynikiem było skonstruowanie spójnej teorii zachowania się sprężystych ośrodków porowatych nasyconych płynami złożowymi. W ostatnich 4-ch latach wiele prac było zorientowanych na rozliczne analizy i prognozy energetyczne, oraz w ogóle problemy energii w świecie i w Polsce. Stworzono podstawy modelu "węglowo-gazowego" dla Polski, uznając, że jest on optymalny na okres najbliższych 20 - 30 lat. Uzyskane wyniki podał w ponad 400 publikacjach i referatach publikowanych. W czasopismach i wydawnictwach zagranicznych ukazało się 50 prac. Jest współautorem 5 patentów. Był promotorem 15 przewodów doktorskich, recenzentem ponad 70 prac doktorskich i habilitacyjnych. Brał czynny udział w ponad 70 sympozjach i konferencjach krajowych oraz 65 konferencjach i sympozjach zagranicznych, w tym również zapraszany imiennie z referatami. Jest członkiem-korespondentem Polskiej Akademii Umiejętności (PAU) (1995), członkiem-korespondentem Polskiej Akademii Nauk (PAN), Akademii Inżynierskiej w Polsce (1998), członkiem zagranicznym Rosyjskiej Akademii Nauk Przyrodniczych (RAEN) (1999). W 2000 r. otrzymał godnośc profesora honorowego w Narodowym Uniwersytecie Górniczym Ukrainy (Dniepropietrowsk) oraz w 2004 r. godność profesora honorowego Narodowego Uniwersytetu Nafty i Gazu w Iwano-Frankowsku (Ukraina), a w 2002 r. tytuł "doctora honoris causa" Uniwersytetu im. Luciana Blagi w Sibiu (Rumunia). Jest wybranym członkiem The Scientific Research Society Sigma Xi (USA), członek honorowy SITPNiG (2004). Prof. Jakub Siemek posiada opinię pracownika naukowego o nienagannej postawie etycznej i moralnej. Działalność naukowa przyniosła mu uznanie środowiska naukowego krajowego i zagranicznego, wiele uczynił dla pozycji i rozwoju macierzystej Uczelni - AGH.